Этот музей включен в архитектурный комплекс, который появится в результате реконструкции Морского порта. Эта строительная площадка уже обнесена забором. Ее основу составляет нынешняя промышленная зона. Здесь будут построены здания в 2-3 этажа, в которых кроме Морского музея, будут еще располагаться рестораны, магазины и выставочный зал.

Еще появятся новые искусственные территории, которые в этой части города немного отодвинут море. Однако, в результате реконструкции, возле Морского порта появится стоянка для яхт. По своей архитектуре новый комплекс пересекается с архитектурой здания морского вокзала, спроектированного знаменитым архитектором Алабяном. Авторами нового проекта являются сочинские архитекторы под руководством Афуксениди Федора Ивановича.

Предусмотрено также и расширение прогулочной зоны. Широкая набережная будет соединять здание Морского вокзала и набережную реки Сочи. Площадь морского порта после реконструкции составит 2,5 га. Строительные работы планируют завершить к концу 2013 года.